Εξώφυλλο
 Βιβλίον Πρώτον
 Περί Λογικής Πίναξ των Κεφαλαίων
 Προοίμιον
 Κεφ. Α'. Περί Όρου
 Κεφ. Β'. Περί Διαιρέσεως
 Κεφ. Γ'. Περί Πείρας, Εμπειρίας, Τέχνης εν ω και περί των Δυνάμεων της Ψυχής
 Κεφ. Δ'. Τίνες εισί οι της Φιλοσοφίας Ορισμοί
 Κεφ. Ε'. Περί Επινοίας
 Κεφ. ΣΤ'. Περί Αιρέσεων
 Κεφ. Ζ'. Τις η της Φιλοσοφίας Διαίρεσις
 Κεφ. Η'. Περί Συνωνύμων, Ετερωνύμων, και Ετέρων, Ομωνύμων τε και Πολυωνύμων, και Παρωνύμων
 Κεφ. Θ'. Περί των πέντε Φωνών
 Κεφ. Ι'. Περί Γένους και Είδους, εν ω και περί Σχέσεως
 Κεφ. ΙΑ'. Περί Γένους και Είδους εν ω και περί Ατόμων
 Κεφ. ΙΒ'. Περί Διαφοράς και Συμβεβηκότος
 Κεφ. ΙΓ'. Περί Ιδίου , εν ω και περί Κοινού
 Κεφ. ΙΔ'. Περί των Κατηγοριών
 Κεφ. ΙΕ'. Έτι περί Κατηγοριών
 Κεφ. ΙΣΤ'. Περί των Κατηγορουμένων, εν ω και περί του έν τινι
 Κεφ. ΙΖ'. Περί Ενός, Ταυτού, και Ετέρου, εν ω και περί Υποστάσεως
 Κεφ. ΙΗ'. Περί Προτέρου, και Υστέρου, και ’μα
 Κεφ. ΙΘ'. Περί Ουσίας
 Κεφ. Κ'. Έτι περί Ουσίας
 Κεφ. ΚΑ'. Περί Ποσού, εν ω και περί Κινήσεως
 Κεφ. ΚΒ'. Περί Ποιού κα Ποιότητος
 Κεφ. ΚΓ'. Περί των Πρός τι
 Κεφ. ΚΔ'. Περί του Ποιείν, και Πάσχειν, και Έχειν
 Κεφ. ΚΕ'. Περί των Αντικειμένων
 Κεφ. ΚΣΤ'. Περί Ονόματος και Ρήματος
 Κεφ. ΚΖ'. Περί Λόγου, και Προτάσεων
 Κεφ. ΚΗ'. Περί των εν ταις Προτάσεσι θεωρουμένων Υλών, και περί Προσδιορισμών
 Κεφ. ΚΘ'. Περί απροσδιορίστων Προτάσεων
 Κεφ. Λ'. Περί Καταφάσεως και Αποφάσεως
 Κεφ. ΛΑ'. Περί Συλλογισμού και Αντιστροφής
 Κεφ. ΛΒ'. Περί των τριών Σχημάτων
 Κεφ. ΛΓ'. Περί του Πρώτου Σχήματος
 Κεφ. ΛΔ'. Περί του Δευτέρου Σχήματος και Τρίτου
 Κεφ. ΛΕ'. Περί της του Δευτέρου και Τρίτου Σχήματος Αναγωγής εις το Πρώτον Σχήμα, και περί της εις Αδύνατον Απαγωγής
 Κεφ. ΛΣΤ'. Περί τω Υποθετικών Συλλογισμών
 Κεφ. ΛΖ'. Περί των παρά την λέξιν Σοφισμάτων
 Κεφ. ΛΗ'. Περί των εκτός της Λέξεως Σοφισμάτων
 Κεφ. ΛΘ'. Περί Ελέγχου, και ότι πάντες οι Παραλογισμοί εις την του ελέγχου άγνοιαν ανάγονται
 Κεφ. Μ'. Περί Προτάσεων και Συλλογισμών
 Πίναξ Κατά Αλφάβητον
 Βιβλίον Δεύτερον
 Πίναξ των Κεφαλαίων
 Κεφ. Α'. Περί των Φυσικών Αρχών και Αιτίων
 Κεφ. Β'. Περί της Ύλης, και του Είδους και της Στερήσεως
 Κεφ. Γ'. Περί Αιτίων, και Αιτιατών, εν ω και περί Τύχης και Αυτομάτου
 Κεφ. Δ'. Περί Κινήσεως, και Ηρεμίας, εν ω και περί Εντελεχείας, και του Δυνάμει, και Ενεργεία
 Κεφ. Ε'. Έτι περί Κινήσεως, και Ηρεμίας
 Κεφ. ΣΤ'. Περί Γενέσεως, και Φθοράς
 Κεφ. Ζ'. Περί Φύσεως
 Κεφ. Η'. Έτι περί Φύσεως
 Κεφ. Θ'. Περί Τόπου, και Χρόνου 
 Κεφ. Ι'. Περί Απείρου
 Κεφ. ΙΑ'. Περί Στοιχείων
 Κεφ. ΙΒ'. Περί των φαινομένων Φλογών καιομένων περί τον Ουρανόν, και των καλουμένων Αιγών, και Δαλών, και διαθεόντων Αστέρων
 Κεφ. ΙΓ'. Περί Κομητών, και του Γαλαξίου Κύκλου
 Κεφ. ΙΔ'. Περί Όμβρου, Χαλάζης, Χιόνος, Δρόσου, και Πάχνης
 Κεφ. ΙΕ'. Περί Πηγών, και Ποταμών
 Κεφ. ΙΣΤ'. Περί Θαλάσσης
 Κεφ. ΙΖ'. Περί Ανέμων, και των λοιπών Πνευμάτων
 Κεφ. ΙΗ'. Περί Σεισμού
 Κεφ. ΙΘ'. Περί Βροντών, και Αστραπών, Εκνεφίουτε, και Τυφώνος, και Πρηστήρος, και Κεραυνού
 Κεφ. Κ'. Περί των εν τω Ουρανώ φαινομένων Φασμάτων
 Κεφ. ΚΑ'. Περί ’λω, και πρώτον περί Οράσεως
 Κεφ. ΚΒ'. Περί Ίριδος
 Κεφ. ΚΓ'. Περί Ράβδων, και Παρηλίων, έτι δε και των εν τη Γη Μεταλλευτών τε, και Ορυκτών
 Κεφ. ΚΔ'. Περί Ουρανού, και ότι ουκ έστιν ο Κόσμος αΐδιος
 Κεφ. ΚΕ'. Περί Αιθέρος, και Αστέρων
 Κεφ. ΚΣΤ'. Περί Ηλίου
 Κεφ. ΚΖ'. Περί Σελήνης
 Κεφ. ΚΗ'. Περί Γης, και των ταύτης Ζωνών, και πρώτον ότι η Γη κέντρου λόγον επέχει προς την ουράνιον Σφαίραν, αλλά και προς αυτήν την Ηλιακήν
 Κεφ. ΚΘ'. Περί Ημερών, και Νυκτών, και των τεσσάρων του έτους Ωρών
 Κεφ. Λ'. Περί Οικήσεων
 Κεφ. ΛΑ'. Περί Κενού
 Κεφ. ΛΒ'. Εκ της εις τον όγδοον Ψαλμόν Εξηγήσεως
 Πίναξ Κατά Αλφάβητον
 Η των Σφαλμάτων επιδιόρθωσις
 Βιβλίον Τρίτον
 Λόγος περί Σώματος
Τίτλος
 Του αυτού περί Ψυχής
 Του Μηδείας Θεοφάνους Λόγος
 Προς τον Μητροπολίτην Μηδείας Θεοφάνην
 Επιστολή Καθολικωτέρα και προς πολλούς
 Περί Πίστεως Λόγος
 Του αυτού περί Αρετής και Ασκήσεως